La pista, que presentaba partes mojadas, obligaba a los pilotos a tener que tomar más precauciones de las habituales y Martín terminó la primera vuelta en la quinta plaza y absorbido por el grupo. Quien tiraba en la punta de la carrera era su rival por el título, Marco Bezzecchi.
Atenazado por los nervios, Martín se movió en la parte trasera del top10, a donde había llegado su compañero de equipo. La noticia es que Darryn Binder no respetaba los galones de su marca, y echaba a Marco Bezzecchi de la primera posición, y también estuvo moviéndose en posiciones medias entre los 10 primeros.
La carrera dio un vuelco a falta de 10 vueltas, cuando Jorge Martín pareció recuperar la confianza y el ritmo, sin embargo Marco Bezzecchi no le dejó abrir el hueco que trató de abrir. Quien sí lo conseguía era Canet, que poco después se iba al suelo y se reagrupaban las primeras unidades.
Un nuevo cambio de ritmo de Martín, cuando faltaron 5 giros para encontrar la bandera de cuadros, vio cómo el madrileño empezaba a marcar sus sectores de rojo. Abrió diferencias con su seguidores, a 0,5 segundos del segundo y a 1 segundo de Bezzecchi. ¿Se habría acabado la carrera?
Eso parecía, ya que en su segunda vuelta de escapada amplió en otro segundo la distancia. Su estrategia había dado sus frutos y consiguió la victoria con más de 3,5 segundos de ventaja.
Pero Martín se llevó mucho más que la victoria, ya que Marco Bezzecchi entró en 5ª posición, plaza que le daba el título al piloto español. El piloto italiano había consumido las gomas y se había quedado sin argumentos para responder, yéndose hacia atrás, a las posiciones en las que no debió estar.
Enhorabuena a Jorge Martín.
The 2018 #Moto3 World Champion is @88jorgemartin 👊#MalaysianGP 🇲🇾 pic.twitter.com/f0ekurT416
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) November 4, 2018
Completaron el podio los dos hombres del Leopard, con Dalla Porta segundo y Bastianini tercero. Arenas, ganador de la carrera de Australia, llegó a 38 milésimas del podio, por delante de Bezzecchi y dando el título a Martín.
| Pos. | Num. | Piloto | Moto | Diff. |
| 1 | 88 | Jorge MARTIN | Honda | |
| 2 | 48 | Lorenzo DALLA PORTA | Honda | 3.556 |
| 3 | 33 | Enea BASTIANINI | Honda | 3.757 |
| 4 | 75 | Albert ARENAS | KTM | 3.795 |
| 5 | 12 | Marco BEZZECCHI | KTM | 4.095 |
| 6 | 21 | Fabio DI GIANNANTONIO | Honda | 4.106 |
| 7 | 40 | Darryn BINDER | KTM | 4.232 |
| 8 | 14 | Tony ARBOLINO | Honda | 4.704 |
| 9 | 24 | Tatsuki SUZUKI | Honda | 4.707 |
| 10 | 23 | Niccolò ANTONELLI | Honda | 4.715 |
| 11 | 42 | Marcos RAMIREZ | KTM | 4.727 |
| 12 | 27 | Kaito TOBA | Honda | 5.101 |
| 13 | 77 | Vicente PEREZ | KTM | 6.392 |
| 14 | 41 | Nakarin ATIRATPHUVAPAT | Honda | 7.063 |
| 15 | 22 | Kazuki MASAKI | KTM | 7.353 |
| 16 | 16 | Andrea MIGNO | KTM | 7.478 |
| 17 | 76 | Makar YURCHENKO | Honda | 7.626 |
| 18 | 71 | Ayumu SASAKI | Honda | 13.843 |
| 19 | 65 | Philipp OETTL | KTM | 19.992 |
| 20 | 84 | Jakub KORNFEIL | KTM | 26.678 |
| 21 | 81 | Stefano NEPA | KTM | 34.184 |
| 22 | 9 | Apiwath WONGTHANANON | KTM | 34.468 |
| 23 | 7 | Adam NORRODIN | Honda | +1’37.387 |
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